Metode Ekstraksi DNA Tanaman

PENDAHULUAN

Metode ini hanya untuk sampel daun tanaman. Untuk beberapa tanaman terutama yang mengandung senyawa fenolik tinggi harus berasal dari daun kecambah setelah kotiledon. Bahan ekstraksi dan dilusi merupakan bahan kit dari Sigma-Aldrich. Modifikasi dilakukan dengan melakukan presipitasi dengan etanol absolute dan pencucian dengan campuran chloroform isoamylalkohol.


Beberapa defenisi yang perlu diketahui adalah :
  • DNA merupakan molekul utama yang mengkode semua informasi yang dibutuhkan untuk proses metabolisme dalam organisme dan tersusun atas gula deoksiribosa, basa nitrogen dan fosfat yang tergabung membentuk nukleotida.
  • Ekstraksi adalah proses pemisahan suatu penyusun yang diinginkan dari penyusun lainnya dalam suatu massa.
  • Kit merupakan suatu bahan siap pakai hasil pabrikasi.
ALAT DAN BAHAN

Alat yang digunakan antara lain adalah :
  • Gunting
  • Water Bath / hot plate
  • Pelampung Mikrotube
  • Micropipet 1000 mikroliter
  • Rak tip dan rak mikrotube
  • Centrifuge
  • Freezer
  • Vacum pump
  • Vortex mixer
Bahan yang digunakan antara lain :
  • Extraction solution dan dilution solution dari Kit Sigma
  • Etanol Absolute.
  • Campuran Cloroform dan lsoamylalkohol (24:1)
  • Air double distilate
  • Microtube 2 ml 
  • Tip mikropipet 1000 mikro liter

Gambar Tahapan Ekstraksi DNA


CARA KERJA
  1. Perlu diingat untuk menggunakan alat dan bahan yang steril.
  2. Siapkan larutan ekstrak dari Kit Sigma sebanyak 100 mikro liter  pada mikrotube 2 ml.
  3. Cuci gunting yang akan digunakan dengan arkohol 70% kemudian keringkan dengan tissue yang baru.
  4. Masukan potongan daun pada mikrotube (daun harus dalam keadaan terendam).
  5. Panaskan pada suhu 95 C menggunakan waterbath selama 5 menit. 
  6. Tambahkan larutan dilusi sebanyak 100 mikroliter.
  7. Tambahkan aquades sebanyak 300 mikroliter.
  8. Pindahkan cairan pada  mikrotube 1500 mikroliter (usahakan sisa daun tidak terbawa).
  9. Tambahkan campuran cloroform isoamylalkohol (CIA 24:1) sebanyak 150 mikroliter. Aduk dengan vortex mixer selama +/- 10 detik. 
  10. Centrifuge pada kecepatan 15.000 rpm atau +/- 12.000 G
  11. Pindahkan supernatan pada mikrotube 1500 mikroliter. 
  12. Tambahkan etanol absolut 2 kali volume supernatan. 
  13. Jika suspensi/gumpalan  lendir tidak terlihat, dapat dimasukkan ke dalam freezer selama 10 menit.
  14. Centrifuge pada kecepatan 7000 rpm (+/- 5000 G).
  15. Buang larutan etanol lalu keringkan diatas kertas tissue.
  16. Jika alkohol sudah tidak ada yang menetes, keringkan DNA dengan vacum pump sampai kering.
  17. Larutkan paket DNA dengan air double destilate.

Sumber : Instruksi Kerja Metode Ekstraksi DNA Laboratorium Plant Molecular Biology Dep. Agronomi dan Hortikultura IPB.

Komentar

Posting Komentar

Postingan populer dari blog ini

REPLIKASI, TRANSKRIPSI DAN TRANSLASI (SINTESIS PROTEIN)

Gambar
Pengertian DNA DNA, Deoxyribose Nucleic Acid adalah asam nukleotida, biasanya dalam bentuk heliks ganda yang mengandung instruksi genetik yang menentukan perkembangan biologis dari seluruh bentuk kehidupan sel. DNA berbentuk polimer panjang nukleotida, mengkode barisan residu asam amino dalam protein dengan menggunakan kode genetik, sebuah kode nukleotida triplet.  DNA seringkali dirujuk sebagai molekul hereditas karena ia bertanggung jawab untuk penurunan sifat genetika dari kebanyakan ciri yang diwariskan. Pada manusia, ciri-ciri ini misalnya dari warna rambut hingga kerentanan terhadap penyakit. Selama pembelahan sel, DNA direplikasi dan dapat diteruskan ke keturunan selama reproduksi.  DNA bukanlah suatu molekul tunggal, nampaknya ia adalah sepasang molekul yang digandeng oleh ikatan hidrogen: DNA tersusun sebagai untai komplementer dengan ikatan hidrogen di antara mereka. Masing-masing untai DNA adalah rantai kimia ?batu bata penyusun, yakni nukleotida, yang terdiri
Baca selengkapnya

Centotheca lappacea (Linnaeus) Desvaux

Gambar
Famili : Gramineae (Poaceae) Jenis : Rumput Nama lokal : Suket lorodan / Jukut Kidang Sumber foto : http://plantjdx.com/centotheca_lappacea.htm Morfologi :  Daun : berbentuk bulat telur atau bulat panjang, pangkal tidak simetris, ujungnya runcing, tepi daun berombak dan bewarna keunguan. Lidah daun : lebar membran berukuran 2-3 mm. Susunan buliran : buliran panjang tangkai 1-5 mm tersusun agak longgar dan merapat ke sumbu. Buliran : warna hijau kemerahan, terdapat 1-3 floret (5-8 mm), ujungnya runcing dan sekam kelopak tumpul.  Batang : tegak membentuk rumpun yang kokoh, bentuknya bulat atau agak pipih, tidak berongga, tidak ditumbuhi bulu, panjang berkisar 25-125 cm (biasanya ± 50 cm), bukunya berwarna ungu dan tidak berbulu.  Pembungaan : terdapat malai pada ujung batang dengan tinggi 5-40 cm, cabang primer tumbuh satu-satu atau tergabung 2-3 dari satu titik, tersebar, bercabang pendek dan buliran agak longgar.  Perbanyakan :  Secara generatif menggunakan biji k
Baca selengkapnya

METODE SELEKSI PADA TANAMAN MENYERBUK SENDIRI DALAM PEMULIAAN TANAMAN

Gambar
Penggabungan gen-gen yang terdapat pada kedua tetua merupakan tujuan persilangan pada tanaman mnyerbuk silang. Sebelum menetapkan metose apa yang akan dilaksanakan untuk menangani generasi-generasi yang bersegregasi, agar program pemuliaan yng telah ditentukan dapat berhasil dengan baik. Sehingga, para pemulia harus mmperhatikan beberapa hal, diantaranya: Informasi daya hasil, Daya adaptasi dan ketahanan tetua terhadap hama, penyakit dan berbagai cekaman lainnya, Cara pewarisan sifat yang diperbaiki, Pertimbangan teknis, seperti mudah tidaknya membuat hibrida atau berapa luas lahan yang diperlukan dalam pengujian generasi yang bersegregasi tersebut, Pemilihan tetua, dan Cara seleksinya.  Semua faktor diatas merupakan hal-hal yang mempengaruhi pengambilan keputusan dalam penentuan metode seleksi. Di dalam pemuliaan tanaman ada beberapa metode seleksi yang dapat dilakukan pada tanaman menyerbuk sendiri yaitu seleksi silsilah (pedigree). Seleksi Silsilah (Pedigree)  M
Baca selengkapnya